Wiss. Rechnen » R
 

R

R ist eine Programmiersprache und gleichzeitig auch der Name des Tools für Statistik und stochastische Simulation.

Auf dem Cluster ist R in der Version 3.5.1 installiert.

Eine Einführung in R findet sich hier.

Aufruf

Zum Aufrufen der interaktiven R-Umgebung genügt es,

$ R

einzugeben (man beachte die Großschreibung). Hier ein paar kurze Beispiele in der R-Umgebung:

# Dies ist ein Kommentar
>
> 2 # Gebe eine natürliche Zahl aus 
[1] 2 
> 2+3 # Führe eine simple Addition durch 
[1] 5 
> log(2) # natürlicher Logarithmus 
[1] 0.6931472
>
> x <- "Hello World!" # Speichert einen String 
> x
[1] "Hello World!"

 

Mit dem Befehl Rscript können einzelne Befehle oder Skripte (siehe unten) ausgeführt werden.

$ Rscript -e "log(2)"

Die Befehle müssen von Anführungszeichen (entweder einfachen oder doppelten) umschlossen sein.

Skripte

Wie üblich kann man R-Aufrufe auch in ein Shell-Skript schreiben, anstatt sie manuell in die Konsole einzugeben:

!/bin/bash
Rscript -e "'Hello World!'" 
Rscript -e "'1+1='" 
Rscript -e 1+1

Dies produziert die Ausgabe:

[1] "Hello World!" 
[1] "1+1=" 
[1] 2

Über den Scheduler SLURM kann man ein solches Skript auch auf mehreren Knoten laufen lassen:

$ srun -N 2 R/Rscript.sh 
[1] "Hello World!" 
[1] "Hello World!" 
[1] "1+1=" 
[1] "1+1=" 
[1] 2 
[1] 2

In diesem Beispiel wurden für den Job zwei Knoten benutzt. Mehr über Jobs erfahren Sie hier.

Aktualisiert um 15:30 am 11. Juni 2018 von Jan Philipp Stephan