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R

R ist eine Programmiersprache und gleichzeitig auch der Name des Tools für Statistik und stochastische Simulation.

Auf dem Cluster ist R in der Version 3.5.1 installiert.

Eine Einführung in R findet sich hier.

Aufruf

Zum Aufrufen der interaktiven R-Umgebung genügt es,

$ R

einzugeben (man beachte die Großschreibung). Hier ein paar kurze Beispiele in der R-Umgebung:

# Dies ist ein Kommentar
>
> 2 # Gebe eine natürliche Zahl aus 
[1] 2 
> 2+3 # Führe eine simple Addition durch 
[1] 5 
> log(2) # natürlicher Logarithmus 
[1] 0.6931472
>
> x <- "Hello World!" # Speichert einen String 
> x
[1] "Hello World!"

 

Mit dem Befehl Rscript können einzelne Befehle oder Skripte (siehe unten) ausgeführt werden.

$ Rscript -e "log(2)"

Die Befehle müssen von Anführungszeichen (entweder einfachen oder doppelten) umschlossen sein.

Skripte

Wie üblich kann man R-Aufrufe auch in ein Shell-Skript schreiben, anstatt sie manuell in die Konsole einzugeben:

!/bin/bash
Rscript -e "'Hello World!'" 
Rscript -e "'1+1='" 
Rscript -e 1+1

Dies produziert die Ausgabe:

[1] "Hello World!" 
[1] "1+1=" 
[1] 2

Über den Scheduler SLURM kann man ein solches Skript auch auf mehreren Knoten laufen lassen:

$ srun -N 2 R/Rscript.sh 
[1] "Hello World!" 
[1] "Hello World!" 
[1] "1+1=" 
[1] "1+1=" 
[1] 2 
[1] 2

In diesem Beispiel wurden für den Job zwei Knoten benutzt. Mehr über Jobs erfahren Sie hier.

Pakete

R besitzt ein System zum Installieren von Paketen. Die verfügbaren Pakete sind auf der CRAN-Website durchsuchbar.

Auf dem HorUS können Sie R-Pakete selbst installieren. Die Pakete werden standardmäßig in Ihrem Home-Verzeichnis installiert (in einem Unterordner, der auch R heißt). Sie sind dann für Sie verfügbar. Wenn eine größere Anzahl an Nutzern dieselben Pakete braucht (beispielsweise ein ganzer Lehrstuhl), können wir auch zentral für Sie Pakete installieren. In diesem Fall kontaktieren Sie uns unter hpc-support@uni-siegen.de.

Um ein Paket zu installieren:

  1. Öffnen Sie die R-Konsole auf dem Cluster mit R

  2. Geben Sie in der R-Konsole ein:

    install.packages("Paketname")

    Der Paketname muss in Anführungszeichen stehen.

  3. Wählen Sie den Installationsmirror aus. Dies hat wenig Auswirkung, außer dass nähergelegene Mirrors in der Regel schneller sind als weiter weg (z.B. außerhalb Europas) gelegene. Wenn Sie die SSH-Verbindung mit X-Unterstützung benutzen, öffnet R unter Umständen hier ein Fenster.

  4. Achten Sie auf den Output. Eventuell muss bei der Paketinstallation externer Code (z.B. C-Code) compiliert werden, in diesem Fall kann es zu Fehlern kommen. Wenn eine Paketinstallation fehlschlägt, wenden Sie sich an den HPC-Support.

Aktualisiert um 15:30 am 11. Juni 2018 von Jan Philipp Stephan