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Liebe Cluster-Nutzerinnen und -Nutzer,

die Uni Siegen wird in den nächsten Monaten den HorUS-Cluster durch ein neues und wesentlich leistungsfähigeres System ersetzen. Die Ausschreibung wurde von der Firma Megware gewonnen und der derzeitige Zeitplan sieht vor, dass das neue System Ende April in Betrieb gehen soll (der ursprünglich angedachte Termin Ende Februar konnte nicht eingehalten werden, hauptsächlich auf Grund von Lieferschwierigkeiten).

Übersicht über das neue System

Das System verfügt über die folgenden Compute-Partitionen:

  • 434 Knoten in der primären HPC-Partition, die mit AMD-CPUs vom Typ EPYC 7452 sowie je 256 GB RAM ausgestattet sind.
  • OpenStack- und Kubernetes-Partitionen (8 bzw. 5 Knoten).
  • 2 SMP-Knoten mit jeweils 4 CPUs Typ Intel Xeon 5218 (Cascade Lake) und 1,5 TB RAM
  • 10 GPU-Knoten mit insgesamt 24 nVidia-GPUs vom Typ Tesla V100 (4×4, 2×2, 4×1 GPUs pro Knoten).

Das Storage-Konzept verfügt über 1 Petabyte primären Festplattenplatz, zusätzlich einen Burst Buffer mit SSDs (32 Terabyte) sowie 48 TB Object Storage. Das flexible Konzept erlaubt es uns, in der Zukunft bei Bedarf die Größen dieser Storage-Komplexe untereinander zu verschieben.

Als Hochgeschwindigkeits-Netzwerk wird Infiniband HDR100 verwendet.

Die folgenden Informationen geben den aktuellen Stand der Planung wieder und können sich gegebenenfalls bis zur Inbetriebnahme des neuen Clusters noch ändern.

Was wird sich beim Zugang und beim Login ändern?

Der Cluster wird wie auch der HoRUS-Cluster allen Angehörigen der Uni Siegen zur Verfügung stehen. Spätestens nach Abschluss der Übergangsphase wird der neue Cluster wie gewohnt unter der üblichen Adresse zur Verfügung stehen.

Wie wird der neue Cluster heißen?

Der Cluster hat noch keinen Namen. Wir werden einen Namenswettbewerb für den neuen Cluster ausschreiben.

Werden die anderen Rechenressourcen ebenfalls durch den neuen Cluster abgelöst?

Nein, das HTC-System vom Typ HPE Moonshot und das kürzlich beschaffte Vektorsystem NEC SX-Aurora Tsubasa (mehr Informationen dazu ebenfalls in Kürze) bleiben weiter bestehen.

Wie kommen meine Daten vom HoRUS zum neuen Cluster?

Während der Übergangsphase wird genug Gelegenheit bestehen, Ihre Daten zu kopieren.

Welches Betriebssystem wird auf dem neuen Cluster verwendet werden?

Das Betriebssystem wird CentOS 8 sein (auf HorUS ist es derzeit CentOS 7). Als Job Scheduler wird nach wie vor SLURM zum Einsatz kommen.

Welche Software wird auf dem Cluster zur Verfügung stehen?

Es wird eine Kollektion von kommerzieller sowie nichtkommerzieller Software für die verschiedensten Anwendungszwecke geben, ähnlich dem Angebot auf dem HorUS-Cluster. Sie werden außerdem die Installation von zusätzlicher Software anfragen können, dies werden wir je nach Einzelfall entscheiden.

Wenn Sie noch weitere Fragen haben, schreiben Sie uns eine Email: hpc-support@uni-siegen.de

Mit freundlichen Grüßen
Ihr HPC-Team

Aktualisiert um 11:13 am 26. Februar 2020 von Jan Steiner

Liebe Cluster-Nutzerinnen und -Nutzer,

diese Meldung soll einen Überblick über die vielfältigen Möglichkeiten zu Schulungen rund um das Thema HPC und verwandte Themen geben. Es gibt sowohl von ZIMT-Seite als auch darüber hinaus viele Angebote, die Mitarbeitern wie Studierenden zur Verfügung stehen – größtenteils kostenlos.

  • Zunächst einmal bieten wir selbst jedes Semester mehrere Kurse für Sie an. Hervorzuheben ist hier der Cluster-Einführungskurs, den jeder Clusternutzer mindestens einmal besucht haben sollte. Es gibt aber noch weitere, z.B. zu Linux und ab nächstem Semester für MATLAB. Informationen können Sie unserer Schulungsseite entnehmen.
  • Außerdem werden wir in Zukunft verstärkt externe Trainer einladen und werden diese Kurse ebenfalls auf der Schulungsseite und über diese Mailingliste ankündigen.
  • Außer uns bieten auch Lehrstühle der Uni Siegen Veranstaltungen zum Thema wissenschaftliches Rechnen an. Als Beispiel seien hier nur die Veranstaltungen des Lehrstuhls Simulationstechnik und Wissenschaftliches Rechnen aus dem Department Maschinenbau erwähnt, zum Beispiel “Einführung in die Programmierung mit Python”, auch als Online-Kurs in Moodle verfügbar. Kennen Sie noch weitere Veranstaltungen, die für die Siegener HPC-Community interessant sein könnten (zum Beispiel zu Themen wie Programmierung, MATLAB oder Software Engineering)? Sagen Sie uns Bescheid: hpc-support@zimt.uni-siegen.de
  • Als NRW-weites Projekt wurde die HPC-Wiki aufgebaut, die über ein ständig wachsendes Angebot an Informationen zu HPC verfügt. In Zukunft werden wir verstärkt Informationen zur Uni Siegen dort einpflegen.
  • Weiterhin verweisen wir auf den HPC-Kalender der Vereinigung der HPC-Rechenzentren in Deutschland (Gauss-Allianz), der ebenfalls auf unserer Website eingebunden wird. Diesem Kalender können Sie deutschlandweit Schulungsangebote zu den verschiedensten Themen entnehmen. Diese Schulungen finden in der Regel nicht in Siegen statt, sind aber für Angehörige deutscher Universitäten oft günstig oder sogar kostenlos. Die Anmeldung erfolgt in diesem Fall natürlich über die entsprechende Uni/Einrichtung.
  • Wenn Sie sich nicht sicher sind, welche Schulungen Sie benötigen, oder bei sonstigen Fragen, melden Sie sich einfach bei uns: hpc-support@zimt.uni-siegen.de

Mit freundlichen Grüßen
Ihr HPC-Team

Aktualisiert um 15:56 am 20. Februar 2020 von Jan Steiner

Liebe Cluster-Nutzerinnen und -Nutzer,

der nächste Linux-Einführungskurs wird am 4. Februar 2020 stattfinden und den ganzen Tag dauern. Er wird in deutsch gehalten werden. Weitere Informationen finden Sie hier.

Die Grundlagen von Linux, insbesondere der Kommandozeile, werden behandelt. Wir empfehlen, dass alle Clusternutzer, die mit Linux unerfahren sind, diesen Kurs mindestens einmal besuchen. Der Kurs wird einmal pro Semester veranstaltet, abwechselnd in deutsch und englisch.

Wenn Sie teilnehmen möchten, schicken Sie einfach eine Email an jan.steiner@uni-siegen.de.

Aktualisiert um 10:53 am 20. Januar 2020 von Jan Steiner

Liebe Cluster-Nutzerinnen und -Nutzer,

das ZIMT verfügt seit kurzem über ein System vom Typ HPE Moonshot, das wie der HorUS-Cluster allen Uni-Angehörigen zur Verfügung steht. Dieses System kann zusätzlich zum HorUS für Rechenjobs verwendet werden. 

Der Unterschied zum HorUS ist, dass die Moonshot-Technologie auf sog. High Throughput Computing spezialisiert ist. Der Begriff bezeichnet Rechenlasten, die aus einer großen Anzahl von kleinen, voneinander unabhängigen, Rechenjobs bestehen (im Gegensatz zum High Performance Computing, in dem wenige große, verteilte Jobs vorherrschen).

Das Moonshot-System ist zum Großteil in den HorUS-Cluster integriert und benutzt eine separate SLURM-Queue (htc), um Jobs einzustellen. Ihre Home- und Workspace-Verzeichnisse und die meisten Module sind dieselben. Sie können auch vom HorUS-Cluster aus Jobs in die htc-Queue einstellen und umgekehrt.

Wenn Sie glauben, dass Ihre Rechnungen für das Moonshot-System geeignet sind, würden wir uns freuen wenn Sie das Moonshot-System ausprobieren und uns Rückmeldung über Ihre Tests geben (hpc-support@uni-siegen.de).

Bitte beachten Sie, dass die CPU-Architektur vom HorUS verschieden ist und wir nicht jedes einzelne Modul getestet haben. Wenn Sie Probleme mit einzelnen Anwendungen haben, melden Sie sich bei uns.

Weitere Hinweise zur Benutzung finden Sie auf der Cluster-Website:

https://cluster.uni-siegen.de/htc-system-hpe-moonshot/

Wir werden in naher Zukunft weitere Systeme einführen und werden Sie informieren.

Mit freundlichen Grüßen
Ihr HPC-Team

Aktualisiert um 10:07 am 10. Dezember 2019 von Jan Steiner

Liebe Cluster-Nutzerinnen und -Nutzer,

es gibt noch freie Plätze für den nächsten Cluster-Einführungskurs. Wenn Sie teilnehmen möchten, schicken Sie bitte eine E-Mail an jan.steiner@uni-siegen.de. Mehr Informationen zum Kurs hier.

Mit freundlichen Grüßen

Ihr HPC-Support-Team

Aktualisiert um 14:54 am 5. November 2019 von Jan Steiner

Liebe Clusternutzerinnen und -Nutzer,

das Problem ist behoben und alle Partitionen zur Nutzung wieder freigegeben.
Bitte entschuldigen Sie die entstandenen Unannehmlichkeiten.

Mit freundlichen Grüßen

Ihr HPC-Team

Aktualisiert um 9:23 am 28. Oktober 2019 von Jan Steiner

Liebe Clusternutzerinnen und -Nutzer,
 
wegen einer Störung muss der Management-Knoten des Horus-Cluster in den nächsten Tagen neu gestartet werden. Damit ergeben sich die folgenden Konsequenzen für Sie:
 
1. Alle zum Zeitpunkt des Neustarts laufenden Jobs werden abgebrochen. Dies passiert noch nicht sofort. Wir werden den Zeitpunkt so wählen, das so viele Jobs wie möglich noch durchlaufen können (voraussichtlich Mittwoch nachmittag). Ein paar Jobs haben allerdings eine zu lange Restlaufzeit. Wir werden die betroffenen Nutzer einzeln kontaktieren. Wenn Sie nichts von uns hören, sind Ihre Jobs nicht betroffen.
2. Alle Jobs, die eingestellt aber noch nicht angelaufen sind (Status ‘PD’) werden erst nach dem Neustart anlaufen. Sie müssen hier nichts unternehmen.
3. Das Einstellen von neuen Jobs ist derzeit nur in der Short Queue möglich. Wir werden Sie benachrichtigen, wenn wieder Jobs eingestellt werden können.
 
Der Horus-Cluster wird voraussichtlich am Donnerstag wieder voll verfügbar sein. Wir werden Sie so bald wie möglich informieren.
 
Mit freundlichen Grüßen
 
Ihr HPC-Support-Team

Aktualisiert um 17:53 am 21. Oktober 2019 von Jan Steiner

Liebe Clusternutzerinnen und -Nutzer,

am 7. November wird der nächste Cluster-Einführungskurs stattfinden. Wenn Sie teilnehmen möchten, wechseln Sie auf die englische Übersetzung dieser Seite für weitere Details.

Dieser Kurs findet einmal im Semester statt, abwechselnd auf Deutsch und Englisch.

 

Aktualisiert um 9:31 am 15. Oktober 2019 von Jan Steiner

Liebe Clusternutzerinnen und -nutzer, 

auch in diesem Semester findet wieder die Vorlesung “Hochleistungsrechnen in der Simulationstechnik” statt, diesmal dienstags 12-14 Uhr (ct.) im Raum PB-A 337. Die Vorlesung wird vom Lehrstuhl für Simulationstechnik und wissenschaftliches Rechnen (Department Maschinenbau) veranstaltet.

Die Vorlesung richtet sich an Studenten, Mitarbeiter und Interessierte, die sich ein umfangreiches Wissen über Aufbau und Nutzung von Hochleistungsrechnern und Clustern wie dem HorUS aneignen wollen. Technisches Interesse und Programmierkenntnisse sind von Vorteil.

Zu den einzelnen Terminen der Vorlesung wird jeweils ein Themenkomplexe aus dem Bereich Hochleistungsrechnen(HPC)/Supercomputing behandelt (siehe Übersicht). Dabei bauen die Themen nur bedingt aufeinander auf.

  1. Introduction – 08.10.19
  2. Simulation techniques and HPC applications
  3. Computer architecture
  4. Serial performance
  5. Parallelism (Multi- and Many core architectures)
  6. Shared memory programming
  7. Interconnection networks
  8. Distributed memory programming
  9. New parallel programming languages
  10. Accelerators
  11. Parallel I/O and parallel file systems
  12. Software development @ HPC
  13. HPC Challenges and outlook


Die Vorlesungsmaterialien sind in englischer Sprache, die Vorlesung auf deutsch. Optional gibt es zu einigen Inhalten auch praktische Übungen auf dem HorUS. Informationen zu Ausfallterminen finden sie kurzfristig im LSF. Und bei weiteren Fragen wenden sie sich bitte an monika.harlacher@uni-siegen.de

Aktualisiert um 9:45 am 7. Oktober 2019 von Jan Steiner

Liebe Clusternutzerinnen und -Nutzer,

am 26. September wird der nächste Linux-Einführungskurs stattfinden. Wenn Sie teilnehmen möchten, wechseln Sie auf die englische Übersetzung dieser Seite für weitere Details.

Dieser Kurs findet einmal im Semester statt, abwechselnd auf Deutsch und Englisch.

Aktualisiert um 14:43 am 3. September 2019 von Jan Steiner