GROMACS

GROMACS ist eine Software zur Simulation molekulardynamischer Prozesse. Sie ist als freie quelloffene Software unter der LGPL lizenziert und somit für alle auf dem Cluster kostenlos nutzbar.

Auf dem OMNI Cluster ist GROMACS in den Versionen 2021.1 (deren Userguide Sie hier finden) sowie 2018.6 installiert. Wenn Sie nur module load gromacs angeben, wird standardmäßig die Version 2021.1 geladen. Wenn Sie die Version auswählen möchten, können Sie die Modulnamen mit dem folgenden Befehl anzeigen lassen:

$ module avail gromacs
  gromacs/2018.6
  gromacs/2021.1

Dann können Sie z.B. mit module load gromacs/2018.6 die entsprechende Version laden.

Nutzung

Der Befehl, um GROMACS zu starten, ist gmx_mpi. Beachten Sie, dass in der GROMACS-Dokumentation der Befehl nur gmx heißt. Ansonsten funktionieren die Befehle gleich. Eine Übersicht über mögliche Optionen können Sie sich mit gmx_mpi help anzeigen lassen. Hier ist eine detailliertere Übersicht.

Achtung: Wenn Sie GROMACS in einem interaktiven Job ausführen, müssen Sie beim Einstellen des Jobs in jedem Fall die MPI-Version mit angeben, z.B. srun --pty --mpi=pmix_v3 gmx_mpi --version

Nutzung mit GPUs

Die Version 2021.1 unterstützt auch die Ausführung auf GPUs. Dazu müssen Sie lediglich die Informationen unter GPU-Nutzung beachten.