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R

R ist eine Programmiersprache und gleichzeitig auch der Name eines Tools für Statistik und stochastische Simulation.

Auf dem Cluster ist R in der Version 3.6.3 installiert.

Eine Einführung in R findet sich hier.

Auf dieser Seite wird beschrieben, wie Sie R aufrufen, Skripte auf dem Cluster ausführen und Pakete installieren können.

Aufruf

Zum Aufrufen der interaktiven R-Umgebung muss das entsprechende Modul geladen werden:

module load R

Danach genügt es,

R

einzugeben (man beachte die Großschreibung). Hier ein paar kurze Beispiele in der R-Umgebung:

# Dies ist ein Kommentar
> 
> 2 # Gebe eine natürliche Zahl aus
[1] 2
> 2+3 # Führe eine simple Addition durch
[1] 5
> log(2) # natürlicher Logarithmus
[1] 0.6931472
> 
> x <- "Hello World!" # Speichert einen String
> x
[1] "Hello World!"

Mit dem Befehl Rscript können einzelne Befehle oder Skripte (siehe unten) ausgeführt werden:

$ Rscript -e "log(2)"

Die Befehle müssen von Anführungszeichen (entweder einfachen oder doppelten) umschlossen sein.

Skripte

Wie üblich kann man R-Aufrufe auch in ein Shell-Skript schreiben, statt sie manuell in die Konsole einzugeben:

#!/bin/bash
Rscript -e "'Hello World!'"
Rscript -e "'1+1='"
Rscript -e 1+1

Dies produziert die Ausgabe:

[1] "Hello World!"
[1] "1+1="
[1] 2

Über den Scheduler SLURM kann man ein solches Script auch auf mehreren Knoten laufen lassen:

$ srun -N 2 R/Rscript.sh 
[1] "Hello World!"
[1] "Hello World!"
[1] "1+1="
[1] "1+1="
[1] 2
[1] 2

In diesem Beispiel werden zwei Knoten benutzt. Mehr über Jobs erfahren Sie hier.

Pakete

R besitzt ein System zum Installieren von Paketen. Die verfügbaren Pakete sind auf der CRAN-Website zu finden.

Auf dem OMNI-Cluster können Sie R-Pakete selbst installieren. Die Pakete werden standardmäßig in Ihrem Home-Verzeichnis installiert (in einem Unterordner, der auch R heißt). Sie sind dann für Sie verfügbar. Wenn eine größere Anzahl an Nutzern dieselben Pakete braucht (beispielsweise ein ganzer Lehrstuhl), lohnt es sich eventuell, dass wir Pakete zentral installieren. In diesem Fall kontaktieren Sie uns bitte unter hpc-support@uni-siegen.de.

Führen Sie bitte die folgenden Schritte aus, wenn Sie ein Paket installieren möchten:

  1. Öffnen Sie die R-Konsole auf dem Cluster mit R

  2. Geben Sie in der R-Konsole ein:

    install.packages("Paketname")

    Der Paketname muss in Anführungszeichen stehen.

  3. Wählen Sie den Installationsmirror aus. Dies hat wenig Auswirkung, außer dass nähergelegene Mirrors in der Regel schneller sind als weiter weg (z.B. außerhalb Europas) gelegene. Wenn Sie die SSH-Verbindung mit X-Unterstützung benutzen, öffnet R unter Umständen hier ein Fenster.

  4. Achten Sie auf den Output. Eventuell muss bei der Paketinstallation externer Code (z.B. C-Code) compiliert werden. In diesem Fall kann es zu Fehlern kommen. Wenn eine Paketinstallation fehlschlägt, wenden Sie sich bitte an den HPC-Support oder kommen Sie in die wöchentliche Sprechstunde.

Aktualisiert um 18:18 am 8. Februar 2021 von Jan Steiner