Wiss. Rechnen » Anwendungssoftware
 

Auf dieser Seite finden Sie allgemeine Hinweise zur auf dem Cluster installierten Software, sowie unserer Politik zur Installation von Software. Außerdem beschreiben wir, in welchem Rahmen Sie Software selbst installieren können.

Für einige größere und von vielen Nutzern genutzte Software (z.B. MATLAB) haben wir selbst Nutzungshinweise erstellt. Diese finden Sie in der Liste auf der linken Seite unter dem Punkt “Anwendungssoftware”. Für die häufiger genutzten Programmiersprachen haben wir dasselbe hier getan.

Verfügbare Software

Anwendungssoftware liegt auf dem Cluster immer in Form von Modulen vor. Zur Verfügung stehende Module können Sie mit dem Befehl module avail anzeigen lassen.

Software-Quellen

Auf dem OMNI-Cluster wird Software in der Regel zentral nur aus bestimmten Quellen installiert:

  • Aus dem RPM-Repositorium des Betriebssystem-Herstellers (CentOS). Dies betrifft im Wesentlichen Software, die zum Betriebssystem gehört oder ähnliche grundlegende Funktionalität zur Verfügung stellt.
  • Aus dem Repositorium des Bright Cluster Managers. Dies ist zum Beispiel bei Jupyter und Intel Parallel Studio der Fall.
  • Aus der OpenHPC-Distribution. Die gesamte Software aus OpenHPC steht auf dem Cluster zur Verfügung. Bei OpenHPC handelt es sich um eine Initiative, die häufig genutzte wissenschaftliche Software aufbereitet und in Paketform bereitstellt. Auf dem OMNI-Cluster kommt beispielsweise OpenMPI und die GNU Scientific Library aus OpenHPC.
  • Eine Reihe von Anwendungen, sowohl kommerzielle als auch Open-Source-Software, ist zentral vorinstalliert. Beispiele hierfür sind MATLAB sowie Ansys.

Neuinstallation von Software

Um den Wartungsaufwand überschaubar zu halten, haben wir auf dem OMNI-Cluster Installationsregeln eingeführt und installieren Software nun nur noch unter bestimmten Bedingungen. Allerdings bieten wir nun auch mehr Möglichkeiten, mit denen Sie selbst Software installieren können.

Durch Sie selbst

Sie haben mehrere Möglichkeiten, selbst Software zu installieren. Die komfortabelste Variante ist höchstwahrscheinlich der Paketmanager conda, der auf dem Cluster installiert ist und dessen Nutzung wir hier beschreiben. Auch ist es möglich, Python- oder R-Pakete mit dem jeweiligen Paketmanager (z.B. pip im Falle von Python) zu installieren.

Beachten Sie außerdem, dass Sie mit der Software Singularity selbst Container bauen können. Innerhalb eines Containers können Sie Software beliebig installieren.

Außerdem bietet Anwendungssoftware von sich aus manchmal die Möglichkeit, sie im eigenen Home-Verzeichnis zu installieren. Dies ist von Software zu Software verschieden und Sie müssen die jeweilige Dokumentation der Software konsultieren. Beachten Sie, dass Sie für Ihre eigene Software auch eigene Module-Files schreiben können. Dies ist vollständig optional, kann aber langfristig komfortabler sein.

Zentral durch uns

Wir entscheiden von Fall zu Fall, welche Software wir zentral installieren. Wenn Sie möchten, dass wir eine bestimmte Software installieren, kontaktieren Sie uns bitte per E-Mail (hpc-support@uni-siegen.de). Bitte fügen Sie mindestens die folgenden Informationen bei:

  • Wer ist der oder die Software-Verantwortliche? Diese Person ist Ansprechpartner in allen Belangen der Software, da es im HPC-Team u.U. keine Person gibt, die mit der Nutzung dieser speziellen Software bereits vertraut ist.
  • Wurde geprüft, dass die Software-AGB eine Nutzung auf dem Cluster zulassen? Wir können nur Software installieren, deren Nutzungsbedingungen dies zulassen.
  • Wie ist die Lizenzierung geregelt? Die Lizenzadministration wird nicht durch das HPC-Team geregelt. Die Sorgfalt, Lizenzbedingungen einzuhalten, obliegt dem Software-Verantwortlichen. Das HPC-Team wird lediglich einen Disclaimer zur Verfügung stellen, setzt die Lizenzbedingungen aber nicht mit technischen Mitteln durch.
  • Wie viele Personen werden die Software nutzen? Wir werden keine Software zentral installieren, die nur von einer einzelnen Person genutzt wird.
  • Wo kommen die Installationsdateien her? Es muss klar sein, wie man an die Installationsdateien kommt, dies gilt auch für spätere Updates. Bei kommerzieller Software bedeutet dies häufig, dass beim Hersteller ein Nutzeraccount bestehen oder neu angelegt werden muss.
  • Welche Version(en) soll installiert werden? Es werden pro Software nicht mehr als zwei Versionen zentral installiert. Der Software-Verantwortliche muss entscheiden, welche Versionen das sein sollen. Wollen einzelne Nutzende ein Update, so ist dies mit dem Software-Verantwortlichen zu klären.
  • Ist die Software zum Betriebssystem des Clusters kompatibel? Der Cluster wird mit CentOS 8 betrieben, wobei das Betriebsystem regelmäßig upgedatet wird. Der Software-Verantwortliche muss die Kompatibilität, auch die von späteren Updates, mit dem Betriebssystem klären. Wir behalten uns auch vor, Software zu deinstallieren, wenn sie nach einem Betriebssystem-Update nicht mehr kompatible ist. Die exakte Version des Betriebssystems können Sie mit dem Befehl cat /etc/centos-release anzeigen lassen.

Wird die Software über einen längeren Zeitraum nicht genutzt, erhält der Software-Verantwortliche eine Benachrichtigung über die Inaktivität und die bevorstehende Deinstallation der Software. Sollte der Software-Verantwortliche binnen 2 Wochen nicht auf die Benachrichtigung über eine bevorstehende Deinstallation reagieren, erfolgt die Deinstallation.

Aktualisiert um 12:34 am 8. Februar 2021 von Jan Steiner